مدرسه‌های تخصصی و هیأت‌های اندیشه‌ورز زیر نظر رئیس اندیشکده فعالیت می­نمایند و به‌مثابه بازوان فکری و اجرایی اندیشکده و همچنین معاونت‌ها در چارچوب ضوابط و مفاد اساسنامه به انجام امور محوله اقدام می ­نمایند.

مدرسه‌های تخصصی اندیشکده‌ عبارتند از:

•  مدرسه ادیان و مذاهب
•  مدرسه فلسفه و حکمت
•  مدرسه اخلاق و معنویت
•  مدرسه کلام و عرفان
•  مدرسه فقه و حقوق