رئیس اندیشکده بالاترین مقام اجرایی اندیشکده محسوب می‌شود و تمامی واحدهای تابعه اعم از معاونت‌ها، مدرسه‌ها، کرسی‌ها و دپارتمان‌ها زیر نظر وی اداره می‌شوند. رئیس اندیشکده مسئول اجرای کلیه‌ی مصوبات هیأت امنا، وظایف تفویضی و محوله از سوی هیئت رئیسه، هدایت‌کننده کلیه امور و فعالیت‌ها و نیز حافظ حقوق و منافع اندیشکده می‌باشد.
وظایف و اختیارت رئیس اندیشکده عبارت است از:
- تدوین برنامه های اجرایی اندیشکده با تأکید بر حفظ انسجام، پویایی و انعطاف آن در جهت تسریع اقدامات؛
- نصب و عزل معاونان، رؤسای مدرسه‌ها، کرسی ها و دپارتمان ها و سایر مدیران؛
- تهیه و ارائه طرح، برنامه و بودجه اندیشکده برای بررسی و تصویب آن در هیئت رئیسه؛
- تعامل با سایر نهادها و سازمان‌های دولتی و غیردولتی و نهادهای بین‌المللی در جهت تأمین و تحقق اهداف اندیشکده؛
- تحصیل هر نوع اعتبار و حمایت (مادی و معنوی) در چارچوب اساسنامه و مبتنی بر سیاست‌ها و خط‌مشی‌های اندیشکده؛
- مدیریت منابع انسانی و اموال و دارایی اندیشکده؛
- هدایت ایده‌ها و مساعدت در تولید آثار علمی و پژوهشی و طرح‌های دانش‌بنیان؛
- تلاش در جهت افزایش سطح بهره‌وری با اتکاء به ظرفیت‌های انسانی و نهادی اندیشکده؛
- تعامل هدفمند و هم‌افزا با مؤسسات و نهادهای علمی، پژوهشی و تشکل‌ها و کنشگران حوزه‌های تولید علم و کارآفرینی به‌منظور استفاده از ظرفیت‌های آنان در راستای تحقق اهداف اندیشکده؛
- توسعه و گسترش فعالیت‌های اندیشکده با رویکرد اهداف دانش‌بنیان و تجاری‌سازی خدمات و درآمدزایی به‌منظور خودکفایی اندیشکده و ایجاد فرصت‌های اقتصادی؛
- تدوین و تنظیم و ارائه گزارش از فعالیت‌های اندیشکده در بازه‌های زمانی شش‌ماهه به هیئت رئیسه مبتنی بر نظام ارزشیابی عملکرد و اثربخشی فعالیت‌ها؛
- تأسیس واحدهای تابعه حسب مورد و پس از تصویب هیئت رئیسه؛
- سایر وظایف و اختیارات محوله از سوی هیأت امنا، شورای علمی و هیأت رئیسه؛
