هیئت رئیسه اندیشکده متشکل از رئیس، معاونان، مدیر کل حوزه ریاست و مدیر کل روابط عمومی اندیشکده می‌باشد و دارای وظایف و اختیاراتی به شرح ذیل می‌باشد:
- ارائه طرح، برنامه و بودجه‌ی سالانه به هیئت امنای اندیشکده؛
- اجرای مصوبات هیئت امنا؛
- بررسی و تصویب طرح‌ها و برنامه‌های پیشنهادی معاونت‌ها، مدرسهها، کرسیها و دپارتمانها؛
- برنامه‌ریزی برای جلب همکاری و توسعه روابط با نهادها، مؤسسات و تشکل‌های مردمی؛
- تهیه و تدوین برنامه راهبردی پنج‌ساله و ارائه آن به هیئت امنا؛
- تهیه و تدوین آیین‌نامه‌ها و دستورالعمل‌های اندیشکده؛
تبصره 1: هیئت رئیسه می‌تواند بخشی از وظایف و اختیارات خود را به رئیس اندیشکده تفویض نماید.
تبصره 2: مدیر کل حوزه ریاست، دبیر هیأت رئیسه اندیشکده می‌باشد.
